第一，定位缺乏相关的法律依据。目前行政服务中心的定位缺乏法律依据，它既不是审批业务主体，也不是监督主体。有些地方的行政服务中心属于当地政府的派出机构，有些直属当地办公厅，有些属于纪委或者监察部门的工作部门，更有甚者属于事业单位。由于法律定位模糊，所以直接导致进入行政服务中心的部门有限，而没有进中心的部门把审批项目放进来是不可能的。即便是进了中心的部门，也不可能把所有的审批项目放入中心。因此，有些地方的行政服务中心成了事实上的“收发中心”，不少审批项目在中心或者大厅根本无法直接办理。根据笔者的调研情况，在某区区级保留的行政审批事项中，大约60%的审批事项进了行政服务中心，仍然有40%左右的行政审批事项在各个职能部门办理，而这些没有进入中心的审批事项往往含金量高、领导人员的自由裁量权大，公民和法人甚至连申请表格都很难拿到。
第二，管理权限不到位。行政服务中心要真正实现高效运转，就必须有相应的权限作为制度保障，首先应该有一定的组织人事权，能够对窗口工作人员实施有效管理，而目前行政服务中心的工作人员来自不同单位，有的行政服务中心设有100多个窗口，直接涉及到二、三十个职能部门，这些窗口工作人员的组织关系进了中心，但其人事关系和业务仍然隶属于派出部门管理。其次，应该有一定的日常业务协调权，能够充分协调部门之间的业务联系。但是实际情况是行政服务中心和职能部门一般属于平级关系，有些职能部门恰恰是掌握大量公共权力的部门，日常工作很难协调。再次，应该具有一定的监督权限，能够实现对部门审批行为和窗口工作人员的监督。
第三，授权不到位。改革启动之初，一些职能部门不愿放权、不愿授权的思想严重，当地方首长以预算资金安排调整和人事调整为惩罚时，一些职能部门才陆续地将审批权力转移一部分出来。目前授权不到位的现象在各地的行政服务中心仍然普遍存在，不少行政服务中心的工作人员并没有实质性的权力，有些地方存在着窗口与上级单位之间脱节的问题。除了窗口单位对窗口工作人员的授权存在不充分、不到位的问题，有些窗口单位的内部科室与窗口单位之间还存在着争权的现象。如此一来，行政单位不愿放权，窗口单位就无法办件，原单位的工作机构照样存在并承担审批工作。而且，就算授权全部到位，窗口能不能、敢不敢充分利用又是个问题。窗口工作人员、窗口负责人员、职能部门副手、职能部门一把手层层负责，窗口工作人员仍然只是负责接收，最终能否审批还要一把手说了算。
第四，行政资源分割。一是信息资源缺乏整合。如某个基建项目地下涉及到的各种专网如水网、电网、气网等的分布，由各个部门掌握，谁都说不清楚。基建项目一开工，挖出煤气管道或者其他管道的事情也就毫不奇怪了。有些地方行政服务中心的电脑信息仍然分为两部分，一部分是门户网站的信息，一部分是以保密为由的职能部门专网的信息。二是权力资源的整合。对于公民和法人来说，政府只有一个，但是对于进入行政服务中心进行申请审批的公民和法人来说，政府却有多张脸孔，而且有些之间还相互矛盾。例如某区一家外商投资企业申请建厂，厂房只有一个，可是区测绘局、区建设局、区规划局、区国土资源局等等，都要分别对厂房面积进行测量，搞得外商不胜其扰。
第五，人为因素干扰。有些地方政府在发展经济的过程中，为了揽项目、招投资，所以不惜血本、不顾法律和政策规定的事情时有发生，表现在行政服务中心的受理申请过程中，一个项目申请在建设局窗口和规划局窗口通过了，但在环保局窗口按照有关规定不能通过，但出于招商引资的需要，这个项目最终仍然获准审批。
正如自然界里的生物系统都是耗散结构一样，作为一个顺应改革需要而产生的行政服务中心，其耗散结构的维持需要严格的管理制度，并且解决与外部交换时面临的体制、权限和人员等方面的制约问题，才能不断克服系统内部正熵的产生，从而帮助行政服务中心实现改革目标。为此，需要着手解决好几个机制方面的问题：
组织机制。任何管理都是在一定组织结构下进行的管理，没有组织结构就谈不上管理。从这一意义上来说，组织结构是进行管理的前提和制约条件。反过来看，管理对组织结构也具有反作用，即管理活动的实际操作和不断深化也将促进组织结构的调整和发展。组织结构初步形成以后，在一段时间内需要保持稳定，但随着内部管理的需要和外部环境压力的加强，还需要进行不断的变革来克服其本身具有的僵化倾向。从国际社会的发展经验来看，新西兰、美国、德国等国都设有行政服务中心，发达国家的政府对经济事务的规制较少，对社会事务的规制较多。从反对官僚主义，提高政府工作效率，为公民和法人提供便捷、高效的公共服务这一角度来看，我国各地的行政服务中心作为行政审批制度改革的产物，在中国转型的特殊时期，包括在转型初步完成以后，可能还会在很长一段时间内继续存在。因此，需要从组织机制上理顺现有形形色色的行政服务中心，明确其法律地位和组织结构。
协调机制。在行政服务中心内往往设有来自发展计划局、建设局、外经贸局、国土资源局、规划局、工商局以及劳动保障局等单位的窗口，需要摸索一套有效的机制来协调窗口和窗口单位之间的关系，协调行政服务中心和窗口单位之间的关系。说到底，有效协调机制的最终建立要依赖于行政理念的转变，有赖于服务政府和法治政府观念的真正确立。我们说“服务型政府”、“顾客导向型政府”不是只在口头上喊一喊就可以的。对于公民和法人来说，口惠而实不至的 “进门一把椅、坐下一杯茶、开口一个笑”等等远不如真正解决问题来得实在。如果不能从“为我方便”转变到“为公民和法人提供方便”的思路上来，行政服务中心的工作是很难走向深入的。
激励机制。作为组织的管理者，应该对组织长远的需要、动机和行为之间的内在联系进行分析，并由此设立一系列的刺激因素，塑造共同的价值观和行为模式，使组织成员的利益统一到组织的目标上来。行政服务中心的建设和管理如果离开窗口工作人员和其他工作人员的积极参与，组织的目标就难以实现。虽然窗口人员的人事关系不在行政服务中心，工资和福利等都仍然由窗口派出单位发放，但完全可以在实践中摸索建立立体式的激励体制，如每月对窗口工作人员进行考核，将考核结果公布在中心的行政服务简报上，实行目标激励；按照考核结果计发窗口服务考核奖，实行物质激励；每年评比优秀窗口工作人员，实行荣誉激励；通过对工作人员的关心爱护，尊重信任，体谅赞许等，实行情感激励等等。
评价机制。评价要取得成效，必须要有一套相对科学的评价体系，不仅指标的设计要相对客观和公正，而且评价的方法本身也要科学合理。否则，评价不但起不到应有的效果，而且还有可能造成负面的影响和作用。行政服务中心的评价工作也是如此，为了使工作人员把工作目标转移到使服务对象满意上来，应该把服务评价的主导权交给服务对象，由自体评价转变为异体评价，将评议结果作为窗口工作人员考核的一个重要依据，并把服务对象对窗口单位的评议汇总情况定期公布。