随着改革的不断深化，影响地方政府行为的利益机制已不断得到调整，地方政府在区域经济发展中的行为也逐步得到规范，发展经济工作的重点也逐步向优化发展软环境、改善基础设施、推进国企改革等方面转变。但由于改革的渐进性和区域之间经济发展的不平衡性，各地各级地方政府在发展地方经济过程中，对自身行为边界的把握和行为手段的选择也不尽相同，或多或少地存在着经济职能的“越位”、“错位”、“缺位”问题。
1、在干预微观经济活动方面的“越位”
首先，在地方国有资产管理职能上“越位”。尽管从中央到地方，国有企业和国有资产管理体制改革不断推进，但由于地方政府在认识上的差异和改革成本方面的差异，不同地区的地方政府在区域市场化改革工作中的力度和进程是不平衡的，尤其是中西部地区改革工作相对滞后，突出表现是政企不分的现象严重，地方国有企业从一般竞争性领域退出不到位，地方政府仍然插手企业微观经营活动，管了许多不该管、管不了、管不好的事。区域内市场微观主体的活力不足，阻碍了区域经济的快速发展。
其次，在招商引资方面越俎代庖。近年来，不少地方政府都把招商引资作为发展区域经济工作的重中之重，不仅制定了一系列优惠政策，更是全力以赴、身体力行，对区域经济的发展起到了一定积极作用。但这种政府主导型的招商引资也带来了很多弊端，突出表现在地方政府插手具体经济事务，越俎代庖去与外商谈项目、拉投资，像赶大集一样奔赴于一些招商会，耗费了大量人力、物力，但是，资金到位率却很低，巨大的投入打了水漂，有些招商引资成了炒作和做秀；中西部地区不少地方每年把招商引资指标一级级压下去，有关地方官员片面追求引资数量和规模，忽视项目的市场需求和实际经济效益以及公众利益，奉行“捞到碗里就是菜”的策略，招商引资项目高质量的不多，假冒伪劣和污染严重的落后项目倒引进不少，对区域产业结构的调整和经济发展带来负面影响；一些地方突破国家政策底线，制定一些土政策，使一些企业利用地域差别逃避国家税收，或自作主张，降低土地经济使用价值，使国有土地收益流失，违法占地屡禁不止，或擅自提高引资奖励额度，使地方经济遭受损失。甚至一些地方官员借招商引资贪污受贿，严重扰乱了地方经济的秩序。
2、在调控职能上的“错位”
突出表现在调控区域经济活动中不善于利用经济、法律的手段实施间接调控。在产业结构调整上偏重于政府运用行政手段指定主导产业和龙头企业；在资产重组过程中习惯于政府“拉郎配式”的兼并重组，对市场经济规律尊重不够。特别是地方政府主导型产业政策的制定和实施，受非市场因素干扰较多，往往不符合地方经济发展的实际和市场要求，或与国家宏观产业结构调整目标相冲突，导致重复建设和区域间产业同构化问题严重。
有关研究成果显示，我国中部地区与东部地区工业结构的相似率为93.5%，中部与西部地区工业结构相似率高达97.9%。全国30个省市都在生产水泥和呢绒，97%的省市在生产纱布、钢材、化肥。全国30个省市区40个工业行业的产值结构，同全国工业行业产值结构的平均相似系数高达0.81(取值范围为0—1)，而反映区域结构特色的专业化系数除海南、山西、云南、青海、宁夏、新疆外，均在0.25以下。各地区制定的2010年远景目标规划中，将汽车工业列为支柱产业的有24个省市，将机械、化工工业列为支柱产业的有16个省市，将冶金工业列为支柱产业的有14个省中。
由于各地区都把目光集中在某些类型的产业和产品上，从而造成省际产业结构的严重趋同。大量低水平的重复建设造成了生产能力过剩、资金和资源的大量浪费，雷同的低水平产品过多又导致了企业和区域经济之间的恶性竞争，其结果是企业亏损甚至濒临破产，区域经济协调发展受到一定的阻碍。
更为严重的是中西部地区一些地方政府急于发展地方经济，往往采用行政手段对本地企业实行支持和庇护，封锁本地市场，实行地方保护，妨碍了区域市场和全国统一市场的发育，导致资源配置扭曲，规模经济不能有效发挥，加剧了区域产业结构的趋同，阻碍了产业结构的优化升级，造成资源的巨大浪费。
3、在服务职能上的“缺位”
地方政府担负着提供区域内公共产品的职责，本应通过培育市场体系、维护市场秩序、加大基础设施建设、创造良好的投资和经营环境等措施，在加强市场预测、提供经济技术信息、加强咨询指导和服务、组织交流、推进协作、保护资源和环境等方面，为企业提供内容丰富、热情周到的服务。但由于政府行政体制改革滞后、绩效考核机制尚不完善，在地方财力不充裕的条件下，地方政府重管理、轻服务，对扎实艰苦的服务性工作做不到位，对各种“形象工程”、“政绩工程”热情不减。一些地方政府一方面借口财政困难，社会保障资金和教师工资不能足额及时发放，另一方面又集资举债大搞城市广场和各类美化亮化工程。一些地方政府部门对付出性工作推诿塞责，对收费性项目你争我夺，出现政府权力部门化、部门权力金钱化、开门招商、关门宰客的现象。甚至在一些地方，政府出于地方税收方面的考虑，对假冒伪劣产品和污染严重的项目睁一只眼闭一只眼，在环境保护和维护市场秩序方面无所作为。这些问题都恶化了一个地区经济发展的软环境，削弱了区域经济可持续健康发展的基础。
二、规范地方政府在区域经济发展中行为的思路
从区域经济学理论和国内外区域经济发展的成功经验看，规范地方政府在区域经济发展中的行为，尤其要注重把握好以下几个战略重点：
l、着力制度创新，加快本区域市场化和对外开放进程
制度创新是规范地方政府在区域经济中行为的制度保障。关键是各级地方政府要转变观念，从自身做起，重点从改革和完善地方政府社会资产管理职能、规范地方政府调控管理的分层化职能以及强化服务职能等三个方面扎实推进体制改革步伐，切实解决好“越位”、“错位”、“缺位”的问题，加快区域市场化和对外开放的进程，向着“小政府、大社会”的目标模式迈进。
2、加强基础设施和生态环境建设，改善综合区位条件
在基础设施建设方面，要努力探索市场经济条件下基础设施建设政策性投融资和市场化投融资的新路，积极鼓励民间资本和外资参与基础设施建设，使基础设施建设满足区域经济协调发展的需要。要在国家统一规划和协调下，加强基础设施建设和利用的区域合作，避免造成基础设施领域的重复建设和效率低下。在生态环境建设方面，要加大环保执法和环保监管的力度，严格控制环境污染。要结合产业结构调整，限制和关闭技术落后、污染严重的小型企业，积极推广环保工艺和技术，大力推进清洁生产，努力减少“三废”的产生量。在资源的有效利用上，要坚持做到开发和保护并重，提高资源的开发利用效益。在生态保护上，要以改变农牧业生产方式、恢复植被、控制水土流失、治理荒漠化和石漠化为重点，切实做好退耕还林、退耕还草、封山育林，全民植树造林活动以及防沙治沙，沙土流失治理等工作。在环境治理方面，既要积极拓宽融资渠道，坚持国家、地方、集体、个人一起上，多渠道、多层次、多方位筹集生态建设和环境保护资金，加快生态环境治理工程建设，同时，还要学会运用价格、税收等经济手段，增加对破坏生态环境者的惩罚力度，提高生态环境建设的效益。
3、发展教育、重视人才、加快科技创新和技术进步
要把人才的培养、吸引、使用以及加快科技创造和技术进步放在区域经济和社会发展的优先地位。要在抓好基础教育的同时，着力发展地方高等教育、成人教育、职业技术教育、扫盲教育等，全方位提高劳动者文化和科技素质。既要努力创造条件，大力引进和吸引各类人才到区域内创业发展，积极建立促进人才脱颖而出和发挥作用的人才机制，留住人才并用好人才。要加强区域内高等院校、科研院所的合作，通过建立风险投资基金、资助企业技术创新中心、推进重点科技成果推广计划、改革地方科技管理体制、加快培育技术市场等措施，建立起有利于科研成果向现实生产力转化的运行机制，使区域经济发展转移到依靠科技进步的轨道上来。
4、慎重选择主导产业，加快产业结构优化升级
在市场经济体制建立的初期，由于市场发育不足、区位成本信号扭曲、微观群体的构成不能迅速适应自主决策的要求等原因，地区优势自动显示和地域分工自动形成机制尚不完善，因此，由地方政府通过主导产业政策作出地区产业结构的安排和主导产业选择，在当前仍然是加快地区产业结构优化升级、发展区域经济的合理选择。地方政府主导产业的选择要建立在市场导向的基础之上，要从“我有什么就发展什么”向“市场需要什么才发展什么”的思路转变，突出重点，宁精勿滥。过多过滥的主导产业目标只能是流于形式，甚至减缓资源向真正优势产业的转移速度，有碍区域产业结构调整的步伐和经济的健康发展。
5、加快城市化进程，重视城市经济作为增长极的作用
加快城市化进程有利于培育区域经济增长极，发挥规模效应和聚集效应，实现区域经济集约化、城乡一体化发展。在发展道路上，各级地方政府应因地制宜，根据区域内城市化发展的不同水平和特点，努力探索具有地方特色的、城乡经济协调发展的城市化道路。要加强城市规划，强化政府对城市化的指导，探索建立政府主导与市场化运作相结合的城市基础设施投融资新机制，保障城市化的资金供给。结合产业结构调整，建立城市化和产业结构良性互动机制。通过实施多元化发展战略，走出一条有中国特色的，大、中、小城市和小城镇协调发展的城市化道路.