组织机制。任何管理都是在一定组织结构下进行的管理，没有组织结构就谈不上管理。从这一意义上来说，组织结构是进行管理的前提和制约条件。反过来看，管理对组织结构也具有反作用，即管理活动的实际操作和不断深化也将促进组织结构的调整和发展。组织结构初步形成以后，在一段时间内需要保持稳定，但随着内部管理的需要和外部环境压力的加强，还需要进行不断的变革来克服其本身具有的僵化倾向。从国际社会的发展经验来看，新西兰、美国、德国等国都设有行政服务中心，发达国家的政府对经济事务的规制较少，对社会事务的规制较多。从反对官僚主义，提高政府工作效率，为公民和法人提供便捷、高效的公共服务这一角度来看，我国各地的行政服务中心作为行政审批制度改革的产物，在中国转型的特殊时期，包括在转型初步完成以后，可能还会在很长一段时间内继续存在。因此，需要从组织机制上理顺现有形形色色的行政服务中心，明确其法律地位和组织结构。
协调机制。在行政服务中心内往往设有来自发展计划局、建设局、外经贸局、国土资源局、规划局、工商局以及劳动保障局等单位的窗口，需要摸索一套有效的机制来协调窗口和窗口单位之间的关系，协调行政服务中心和窗口单位之间的关系。说到底，有效协调机制的最终建立要依赖于行政理念的转变，有赖于服务政府和法治政府观念的真正确立。我们说“服务型政府”、“顾客导向型政府”不是只在口头上喊一喊就可以的。对于公民和法人来说，口惠而实不至的 “进门一把椅、坐下一杯茶、开口一个笑”等等远不如真正解决问题来得实在。如果不能从“为我方便”转变到“为公民和法人提供方便”的思路上来，行政服务中心的工作是很难走向深入的。
激励机制。作为组织的管理者，应该对组织长远的需要、动机和行为之间的内在联系进行分析，并由此设立一系列的刺激因素，塑造共同的价值观和行为模式，使组织成员的利益统一到组织的目标上来。行政服务中心的建设和管理如果离开窗口工作人员和其他工作人员的积极参与，组织的目标就难以实现。虽然窗口人员的人事关系不在行政服务中心，工资和福利等都仍然由窗口派出单位发放，但完全可以在实践中摸索建立立体式的激励体制，如每月对窗口工作人员进行考核，将考核结果公布在中心的行政服务简报上，实行目标激励；按照考核结果计发窗口服务考核奖，实行物质激励；每年评比优秀窗口工作人员，实行荣誉激励；通过对工作人员的关心爱护，尊重信任，体谅赞许等，实行情感激励等等。
评价机制。评价要取得成效，必须要有一套相对科学的评价体系，不仅指标的设计要相对客观和公正，而且评价的方法本身也要科学合理。否则，评价不但起不到应有的效果，而且还有可能造成负面的影响和作用。行政服务中心的评价工作也是如此，为了使工作人员把工作目标转移到使服务对象满意上来，应该把服务评价的主导权交给服务对象，由自体评价转变为异体评价，将评议结果作为窗口工作人员考核的一个重要依据，并把服务对象对窗口单位的评议汇总情况定期公布。