卫生资金的筹集是建立新型农村合作医疗制度的前提，也是这一制度得以有效运行的条件。从理论上讲，卫生筹资是各出资主体依据在农村合作医疗制度中各自承担的责任，在能力允许的基础上对形成合作医疗制度的一种合理性支付。一般而言，卫生筹资应体现以下几个原则：
1.风险共担原则。这是新型农村合作医疗制度作为一种社会保障制度的一般原则。在这一制度安排中包含了政府与农民个人两个出资主体，而政府又分为中央政府与地方政府。之所以出现两个以上的出资主体，一是新型农村合作医疗制度不是一种商业保障制度，不是农民个人的商业行为，而是体现一种互助共济的理念与精神；二是现阶段，农村医疗保障具有广覆盖、低水平特征，任何单一主体的筹资只会使这一保障水平降到更低水平。因此，为使新型农村合作医疗制度得以维持最低条件运行，便形成多个筹资主体共同承担这一制度运作的最低成本，以保证制度的正常而连续运行。相应地，各筹资主体共同承担风险就成为题中应有之义。
2.公平原则。卫生筹资的公平性是指卫生筹资过程中，不同人群(主体)间的经济负担应该公平。这种公平性分为横向公平和纵向公平两种。前者是指具有同等支付能力的主体应对卫生服务提供同等的支付；后者则是实际支付额度应与支付能力成正比，即支付能力强的主体应当多支付(WHO，2000)。如果将这个原则运用到新型农村合作医疗制度设计上，并且超越个人支付的范畴来研究各不同筹资主体的公平性，则会发现，政府是强势一方，其充足的资源保障决定其较强的支付能力，理应在筹资中承担主要的责任；而农民是弱势一方，其不稳定的收入增长难以保障这一制度持续运行的必要支付。其不稳定的资源条件使其在筹资中只宜扮演配角。因此，公平原则不是一种要求各筹资主体平均负担出资额的一种平均主义原则，它体现一种能力对等原则，而能力大小以资源保障的稳定性与基础来衡量。
3.自由自愿原则。这个原则是我们发展农村经济、解决“三农”问题的一条基本原则。80年代联产承包责任制推行之初，分田到户的效应尚未显现，政策上允许农民等待观望，而不是采取行政命令的方式强制农民接受。后来在经济较发达地区推行土地适度规模经营，也是采行“允许有条件的地区，在农民自愿原则基础上”慎重推进的方针，而不是集中起来“归大堆”。而今天，在建立新型农村合作医疗制度过程中，农民按照自由自愿原则决定参与与否，充分考虑到现阶段农业发展水平较低，农民收入增长较慢的实际情况，虽然有悖于建立社会保障制度的内在要求，但尊重农民意愿，将农民作为平等参与主体的思想是一脉相承的。
(二)对新型农村合作医疗筹资制度的设计
关于新型农村合作医疗筹资制度设计，我们根据试点地区基金筹集中各筹资主体出资的状况及其分布构成来做一分析。这里以四川省5个省级试点县(市)截止2004年6月30日前筹集到的合作医疗基金为例。Q)筹资总额及分布构成的具体情况见表1。
表1是各筹资主体在全部出资额中支出的绝对数与所占比例，从中反映出各筹资主体对这项制度支持的力度与支出的份额。分析发现，(1)中央政府对5个试点地区资助了1299万元，在筹资总额4490.07万元中占28.93%，仅次于农民自筹水平，位居第2位；(2)地方政府(包括省、市、县三级)出资总额合计达1721.58万元，占到全部出资额的38.34%，比例不低。但分开看，省级只有468.90万元(占10.44%)，市级584.18万元(占13.01%)，县级668.50万元(占14.89%)，其中以省级最少，反映出县市两级财政承担的出资责任较大；(3)农民自筹参保资金共1463.15万元，占29.3%，在各出资主体中排第1位；(4)乡村集体经济没有出资，反映出西部地区在此次新型农村合作医疗筹资中仅依靠政府资助，而未将乡村集体经济单独作为一个出资主体的实际情况。
1.各筹资主体出资分摊的公平性问题。对于新型农村合作医疗筹资的这样一种制度设计，本文有如下几点认识：
第一，筹资制度采取中央、地方及农民个人共同负责、共同出资方式，将医疗保障筹资风险分担在不同的筹资主体上，体现了风险分担这一社会保障的基本原则，是一种以政府资助为主，各主体合作共济的社会保障形式。因为政府作为一个出资人且在出资额中承担三分之二的比例，原来农民之间互助共济的合作医疗筹资的性质相应发生了变化。
第二，中央财政作为一个独立的出资主体，在新型农村合作医疗试点中承担起部分出资责任，但与地方财政相比较仍然处于较低水平，反映出社会保障支出责任仍以地方财政负担为主的传统支出格局。当然，中央财政未达到三分之一配套比例的一个原因可能是由于合作医疗筹资规定以其余两个出资主体责任到位为条件，这也印证了胡善聯对自新型农村合作医疗试点以来出现政府财政拨款滞后的分析结论。
第三，各级地方财政对各自应负担比例的规定较为含糊，没有明确的界定。筹资主体在各级地方政府出现了责任下移的状况，造成缺乏财力保障的县级政府成为新型农村合作医疗地方财政的支出主体，相反，财力保障能力较强的省(市)级地方政府在财政筹资中责任偏小，支持力度不足，形成能力与责任的不对称。
第四，关于农民个人缴费。在西部地区，按照现有的制度设计，建立和推进新型农村合作医疗难度很大。主要受到以下两个方面的影响：(1)西部地区工业化和城市化进程的相对滞后以及因生态建设形成了资源约束，二元经济结构性改革不显著，农民收入增长缓慢，而农业生产特有的高风险和弱质性加剧了农业的周期性波动，使农民增收难以持续从而影响到农民个人或家庭缴费的连续性和稳定性。(2)持续性的农村劳动力跨地区流动(例如，四川外出打工的农村劳动了)已占全部农村劳动力的三分之一)可能会影响现行按户籍所在地为合作医疗筹资的政策安排，因为长期及长距离劳动力流动将在一定条件下减少农民回原籍缴费。并且，随着社区属地管理的逐步规范化，流动人口将在流入地获取社会保障，从而出现新型农村合作医疗基金筹集的空间错位。
2.以县为统筹层次也难以抵御保障风险。新型农村合作医疗制度较过去各种形式农村合作医疗在筹资、分配、使用及监管上，改变了以往以乡村作为统筹单位的制度设计，提高到以县作为统筹单位，从而提升了统筹的层次，这是新型农村合作医疗制度之为“新”的一个特点。在此次新型农村合作医疗制度设计中，县既是统筹的一个层次，又是地方财政筹资的一个主要支付主体。但县这个层次是否具备统筹保障能力，或者说统筹保障能力大小如何，仍然是值得商榷的。从表2可以看到，四川省5个试点县(市)人均报销费用偏低，保障水平不高，说明以县作为统筹单位其保障能力十分有限。特别是西部地区大多数县级财政以保运转为特征，以县作为统筹单位且以县财政资金到位为条件，可能出现县级财政负担太重而无力为新型农村合作医疗出资的状况，从而难以保障新型农村合作医疗制度的运行。
3.缺乏社区层次的筹资主体。社区起源于农村，一般被定义在村庄层面上。建国后到改革开放以前，合作医疗依托的基础即是社区合作组织。但市场取向改革以来，发达地区依靠乡、村发展集体经济并逐步走上乡村工业化道路，同时继承了集体化时期的社区组织资源，形成与完善了统分结合的双层经营体制，从而在这些区域形成了合作医疗持续发展的经济基础(李卫平等，2003)。相比较而言，在西部地区，许多乡村集体经济实际上已是“空壳”，缺少合作经济的合作医疗便成了“皮之不存毛将焉附”，合作医疗的社区筹资失去了资金保障。由于欠发达地区社区资源名存实亡使合作医疗缺乏持续性，因此，此次新型农村合作医疗制度设计没有考虑社区这个层次，从一般意义上讲这是正确的，但切忌“一刀切”。因为，从一些发达地区以及大城市郊区发达农村实际情况看，一些乡村工业发展较好的社区企业不仅仍然在支撑区域内农村合作医疗制度运行，并且，还替代农民个人成为最大的筹资主体。所以，对发达地区和城市郊区农村(包括西部少数地区)，社区仍应作为一个独立的筹资主体，它的存在既可以缓解基层地方财政推行合作医疗的筹资压力，又可以提高出资的额度，增强保障的能力。
三、新型农村合作医疗筹资制度的改进
(一)中央政府应在合作医疗筹资中承担更多的责任
保障农民的健康作为一项公共产品是一项重要的政府职能。在现行财政体制下，中央政府集中了大量的财政资源，这些资源是新型农村合作医疗筹资的物质保障。显然，无论从社会责任还是资源保障能力看，中央政府应在推进新型农村合作医疗中承担主要责任，相反，如果将基层地方政府作为主要责任主体，现行财政体制很难保障合作医疗筹资的连续性与稳步发展。
从国外的经验来看，像社会保障、基础教育以及基本医疗卫生的支出责任应集中在财政有保障能力的中央政府及省级(州)政府，而不是将责任主体下放到基层地方政府(黄佩华，2003)。新型农村合作医疗的性质首先是一项农民群众人人受益且以保障农民最低健康水平为目标的公益福利事业，中央政府理应承担起提供包括为社会保障出资等公共服务在内的社会责任。并且，中央政府对农民的健康投资还应随着经济发展及财力的增加而逐步扩大。
(二)在地方筹资中应明确以省级财政承担主要责任
地方财政中省、市、县(区)三级财政共同分担10元的出资额，但由于制度设计上没有一个清晰的权利与义务界定，造成筹资分摊上随意性较大。按照现行分税制，财力分布呈现逐级向上集中的态势。因此，以省级财政承担地方筹资的大部分份额较为合理。目前一些地方已在这方面作了有益的探索，如天津市在试点中规定，市、区县的补助各为10元，而乡镇、村的补助各出5元，制定出较为合理的筹资标准。湖南省决定，从2004年起，省、市(州)、县(市)三级财政对农村合作医疗补助的10元在三者分担的比例，由原来的3：3：4改为4：3：3，即省级财政出大头。这些经验和做法值得在全国推广。
(三)在有条件的地区应将社区作为一个单独筹资主体
社区组织资源曾在农村合作医疗中扮演过重要角色，并且在集体经济及乡村工业存在的地区，仍然应作为维持新型农村合作医疗制度持续性运转的一个重要力量。此次制度设计并未完全排斥集体组织的参与，在筹资标准较高的东部发达地区和城市郊区，采取了鼓励村集体及村办企业为新型农村合作医疗出资的方式，如北京市大兴区、天津市静海县等规定了村级集体经济在新型农村合作医疗中出资的比例，从而补充和完善了现有的制度设计，真正实现了由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府共同筹资，以大病统筹为主建立新型农村合作医疗制度的基本要求。因此，作为一项规范的制度，将社区组织作为一个独立筹资主体实属必要。
新型农村合作医疗制度能否走出传统合作医疗起步——发展——衰落的循环周期，并非完全取决于农民的认可与参与，而是在很大程度上决定于政府(尤其是地方政府)的决心、支持的力度以及政策的导向。坚持“以人为本”，树立科学的发展观，协调经济与社会发展不应是一句空话，而是要坚持不懈地直接投资于人，投资于提高人民(包括农民)福利水平的社会保障领域，改变长期形成的重物质资本投入轻人力资本投资，重教育支出轻卫生投入的观念，将改善和促进人民的健康作为发展的根本目标。唯有如是，新型农村合作医疗的持续性推进方可获得最大的制度保障。