抗战时期,一些外来的教徒加入永安的基督教活动。民国28年美以美教会改为卫理公会,永安基督教形成卫理公会和基督教聚会处两个组织,在北门晏公街增设聚会处。民国34年,两个基督教组织分别有信徒300多人和200多人。
解放后,党和人民政府揭露披着宗教外衣的帝国主义者侵华本质,永安基督教组织解体,少数教徒分散在住户
家中举行礼拜活动。1963年,党的宗教政策是信仰自由,但反对帝国主义分子利用宗教进行文化侵略。
帮助促使永安基督教实行自传、自活、自养的“三自”革新,恢复在福音堂进行教会活动,有教徒71人,牧师、传道各1名。1966年“文化大革命”,教牧人员受批斗,《圣经》、教具被焚,福音堂被占用,基督教活动停止。
1979年10月,永安县委落实宗教政策,为教职人员恢复政治名誉。1980年12月退还福音堂,以后又偿还教会房产折价费28万元。1981年1月重新开放福音堂作为教会活动场所,12月成立永安基督教三自爱国运动委员会,并且召开第一届基督教徒代表会议。此后教徒逐渐增加,教会选送2名教徒到福建神学院进修班学习,担任专职传道。随着教徒的发展,永安基督教形成卫理公会、聚会处、耶稣会、安息会4个教派。前2个教派轮流在福音堂做礼拜,后2个教派侧重在农村开展活动。各教派教徒入教都得经过洗礼,只是各教派按照各自对《圣经》的理解进行传道,举行不尽相同的仪式。
1985年起,永安基督教务教派开展“为世界和平祈祷”活动。1986年7月,永安基督教三自爱国委员会召开基督教徒为四化服务表彰大会,鼓励教徒积极参加社会主义现代化建设。1989年,全市有基督教徒2500人(男950人,女1550人),其中50岁以上的老龄人占50%以上,文盲或半文盲占55%。