必须对整个农村的经济体制和农村基层政权体制进行配套改革。
必须逐步建立城乡统一的劳动力市场，统筹城乡义务教育和卫生事业的发展，逐步建立城乡一体化的社会保障体系，从根本上改变长期以来形成的城乡分割的二元结构体制。
一、明确界定农民的土地财产权利，强化国家对农民土地产权的保护
农村土地归农民集体所有，这在有关重要法律中，都有规定，但是，在集体所有制下，“谁”真正拥有土地，实际上是不明晰的。农民集体所有实质上是一种所有权主体缺位的所有制。从法律性质看，农民土地承包权一开始就是以债权的形式出现的。土地承包权的债权属性不利于农户对抗乡村集体干部随意调整土地、更改土地合同的侵权行为。由于农民集体土地所有权的具体归属不明晰，农民土地承包权的性质不够明确，在农用土地流转和土地征用过程中，侵犯农民土地合法权益的现象大量存在。
进一步完善农村土地制度，关键是明确界定农民的土地财产权利。在土地集体所有制下，农民“人走权失”，“退出权”被剥夺。“集体产权”的这种特征，使得集体与农民在权益关系上往往很模糊。要将土地农民集体所有明确界定为农民按份共有制。要明确界定农民土地承包权的物权性质，使农户真正享有占有、使用、收益和处分四权统一的承包经营权。要培育土地使用权市场，建立“依法、自愿、有偿”的土地流转机制。现行土地征用地制度对农民明显不公，存在滥用土地征用权的问题。为了切实保护农民利益，征地补偿必须以土地的市场价值为依据，实行公平补偿不能以侵害农民利益为代价降低建设成本。在公共利益之外的非公益性用地，不再动用国家征地权力，而是在土地利用总体规划和农地转用年度计划的控制下，改为征购。要修改相应的法律法规，除国家非盈利性公益事业用地先征为国有外，其它类型的土地都应允许在不改变集体土地所有权性质的前提下进行集体非农建设用地流转。
二、按照建立公共财政体制和现代税制的要求，逐步统一城乡税制，以税惠农
目前农村税费制度改革仍然属于试验性质，这项改革仍然是在旧的城乡利益格局还没有从根本上得到改变的背景下进行的。税费改革后的农业税是按土地的常年总产量计征，既不是对农民从事农业的净所得征收所得税，也不是按商品流转额征收商品税，税制不科学。与其他产业和社会阶层承担的税负相比，对农民按土地常年总产量征收８．４％的农业税，税率偏高。农业税并没有起征点和免征额，在税收制度上对农民明显不公。
我国农业税制度改革的总体思路是：按照建立公共财政体制和现代税制的要求，逐步减少、以至完全取消专门对农民设置的税制体系，使农民作为纳税人取得与其他社会成员平等的纳税地位，逐步统一城乡税制。城乡统一税制是国际上通行的做法。考虑到现阶段我国经济发展水平和国家财政的承受能力，建立城乡统一的税收体系，可采取分步到位的方式。绝大部分地区已经完全具备了取消农业特产税的条件，要及早取消农业特产税。下一步农业税的改革，可采取逐步降低农业税税率的方式，在一定期限内实现取消农业税的目标。取消对农民单独征税的税种后，把农民的税收负担纳入相应的税收系统。我国农民收入水平低，长期以来农民负担重，农村需要休养生息，不应把从农业中征税作为增加财政收入的来源。在税收政策上对农民应该有所倾斜。这种“以税惠农”的办法最能保证农民直接受益、管理成本低、可操作性强。
三、促进粮食市场发育，完善国家粮食储备制度
现行粮食购销体制的初衷是解决农民“卖粮难”，保护农民利益，并使粮食企业不再发生新的亏损。但经过几年实施的结果表明，这一政策的设计并没有达到预期的目的，政策成本极高。而且，在以往粮食购销体制改革过程中，对发育粮食市场，培育竞争性的粮食市场主体这样的长期政策目标则重视不够。在国家宏观调控下，建立主要由市场调节的粮食购销体制，关键是培育竞争性的粮食市场主体和完善的粮食市场体系。要深化国有粮食企业改革，把政策性经营和商业性经营的机构、经费和业务分开，国有粮食企业同其他企业一样实行公平竞争。要加快粮食市场体系建设，促进全国统一市场的形成。
我国粮食储备制度目前仍存在很大缺陷，主要是国家储备粮功能定位不明确，储备规模过大，成本过高；国家粮食储备暴露出了明显的效率低、时效性差、透明度低等弊端。要对国家储备粮明确定位，合理确定国家粮食储备规模。从近几年粮食储备运行看，价格支持和稳定生产者收入日益成为专项储备粮的主要目标。事实证明，国家粮食储备不可能担负这么多的政策目标。今后，价格支持和稳定生产者收入不宜设定为国家粮食储备的目标。要通过建立对粮食主产区农民的收入支持制度，替代国家粮食储备承担的价格支持和稳定生产者收入的功能。确保国家粮食安全应是国家粮食储备制度的最重要的目标。要从这一原则出发，合理确定国家储备粮的规模。根据世界各国的经验，即使不考虑农民手中的储备，５００亿斤的国家专项储备规模即可达到国际公认的安全水准。这部分储备只负责平抑趋势产量与实际产量之间的差额，保障粮食安全。目前中央储备粮的规模已达到１２００亿斤，规模过大，要逐步降低。应该打破国有粮食企业垄断经营储备粮的局面，鼓励各类企业经资格审定后从事储备粮经营业务，进行平等竞争。
四、积极发展农民新型合作经济组织，提高农民进入市场的组织化程度
目前各种类型的农民专业合作组织普遍存在规模不大，覆盖面小，实力薄弱，管理制度不健全和稳定性较差等问题。社区集体经济组织普遍对农民没有足够的吸引力和凝聚力。把供销社等服务组织改造为农民合作组织的目标并没有达到。我国农产品行业协会几乎是空白。在体制上没有真正代表农民利益的组织和团体。发展农民新型合作经济组织，要尊重农民的意愿和选择。不应拘泥于一种模式，更不能强迫农民接受某一种模式，比较稳妥的做法是因地制宜地采用多种形式。要进一步明确社区集体经济组织的功能定位，更好地发挥为家庭承包经营提供服务等职能，探索集体经济的多种实现形式。要大力发展各种类型的农民专业合作组织，为农民提供科技、信息、资金、物资和产品销售等服务。供销社的改革，不应再过多地强调恢复其合作制的性质，而应该从各地农村的实际情况出发，因地制宜的推进。探索和支持以龙头企业为主体，在自愿互助的基础上建立各种农产品行业协会和社会性中介组织。要制定对农民专业合作经济组织的扶持政策，尽快制定专业合作社法。
五、完善国家对农业和农民的支持与保护制度
完善国家对农业和农民的支持与保护制度，必须进一步调整国民收入分配结构和财政支出结构，努力增加政府财政支农资金投入总量。财政支农支出的增长幅度要继续高于财政经常性收入的增长幅度。政府新增财力要向“三农”倾斜。国家财政每年新增财力要切出一定份额用于农业。国债建设投资要把农业和农村基础设施建设作为一个重点。要逐步把农村公益事业发展和公共设施建设纳入财政支持范围。教育、卫生和文化等部门新增加的投入要主要用于农村。要完善农业支持法律体系，依法规范各级政府支农行为。要按照建立公共财政体制的要求，调整财政支农资金的使用方向，转变补贴方式。要逐步减少对流通环节的补贴，要将主要农产品市场风险基金（如粮食风险基金）转为对农民的直接收入补贴。在粮棉主产区建立对农民使用先进技术的直接补贴制度。增加对农民的生态环境补贴。充分利用ＷＴＯ的“绿箱”政策，增加农业科研和推广、质量安全和检验检测、农产品流通设施、农民培训等方面的投入。逐步将县以下以改善农民基本生产条件和生活质量为重点的中小型基础设施建设纳入各级政府基本建设投资的范畴。改进政府农业投资管理体制，提高政府支农资金的使用效益。
推进农村金融改革与创新。目前，农村信贷支持总量不足，农村金融机构内部信贷结构失衡，农户和中小企业从金融机构获得贷款非常困难。从根本上解决当前我国农村金融中的突出问题，不能局限于对农村金融体系的小修小补，必须以促进农村金融市场的发展为目标，着重从三个方推行农村金融体制的整体改革。第一，彻底解决农村信用社普遍存在的所有权不清晰、法人治理不完善、管理水平较低以及缺乏有效激励机制和内部人控制等问题。二是逐步放开利率管制，实行市场化利率，建立有效的监管框架。三是增强农业银行为“三农”服务的功能，恢复农业发展银行的政策性功能，解除信用社沉重的包袱，增强农村信用社支农能力，建立多元化的农村金融服务体系。
建立政策性农业保险制度。我国农业保险日趋萎缩，远远不能适应农业发展的需要。农业保险对农业风险损失的经济补偿功能是其它政府投入无法完全替代的。国际、国内开展农业保险的实践经验表明，农业保险具有准公共物品的性质，如果完全实行商业化经营模式，必然导致市场失灵。指望商业保险公司为农业提供较全面的风险保障是不现实的。但建立一个自上而下的政府主办、政府经营的政策性保险体系，运行监督成本高。应以建立政府主导下的、政府与商业保险公司混合经营模式作为我国农业保险的主导形式。
六、逐步建立城乡统一的劳动力市场
建立城乡统一的劳动力市场的总体思路是：改革城乡分割的就业制度，发挥市场在调节就业中的基础作用，建立城乡劳动者自主择业、平等就业的新型就业制度，引导农村富余劳动力在城乡、地区间有序流动，逐步实现城乡劳动力市场一体化。
要取消针对农民工制定的限制性就业政策。各级政府要取消对企业使用农民工的行政审批。简化农民外出就业手续，取消专对农民工设置的就业证等各种登记项目。清理各种针对农民工的不合理收费。建立覆盖城乡的职业教育和培训体系。
完善对流动人口的管理制度，加大户籍制度改革力度。城市发展规划和社会各种公共服务规划应该有效服务于全社会，而且，应当将外来人口的管理费用纳入财政预算，不能依赖向外来人口收费。大中城市要进一步放宽农民进城落户的条件，允许外来人口按职业或者居住地入户。农村居民在城镇就业并落户的，在没有纳入城镇社会保障体制前，可继续保留土地承包权，并可享受原集体资产的收益分配，继续保留农村的宅基地使用权。
保障外来人口子女公平接受义务教育的权利。进一步明确和落实以流入地政府为主负责进城务工农民子女的义务教育工作。流入地城镇政府要采取有力措施使进城民工子女以公办学校为主接受义务教育。要降低他们的入学门坎，学杂费外严禁对进城务工农民子女入学收取赞助费和借读费。应将公办学校接收进城务工农民子女增加的费用纳入当地财政有关教育事业费的预算。
七、统筹城乡义务教育和卫生等社会事业发展，逐步缩小城乡社会保障水平的差距
在农村义务教育总投入中，财政预算内教育投入严重不足。１９９４－２０００年，预算内农村义务教育经费占农村义务教育经费总额的比重为５７．７％。从各级财政教育投入分配格局看，中央和省级政府掌握了主要财力，但基本摆脱了负担农村义务教育经费的责任；县乡政府财力薄弱，却承担了财政义务教育经费的绝大部分。显然，这种状况与我国当前的整体财政分配格局极不适应。农村义务教育“以县为主”的管理和投入体制的确立，对解决当前农村义务教育发展面临的突出问题和困难发挥了重要的作用。但也应看到，中西部地区相当一部分县、市，经济发展水平不高，政府财力薄弱，基本上是“吃饭”财政，由县级政府负责统一发放教师工资仍面临着很大的困难。在世界各国，将义务教育教师纳入国家公务员或地方公务员系列，工资由中央或较高层次地方财政承担，或列入中央预算，或列入州、省预算，或各级预算共同分担，是许多国家解决教师工资问题的基本经验。必须按照建立公共财政体制的要求，调整国家财政支出结构，进一步强化中央和省级财政支持农村基础教育的职责及投入力度。
实行分税制改革后，中央、省、市财政只负责本级直属卫生机构的投入。中央财政只按专项转移支付的办法对地方进行补助。从支出结构上看，中央政府仅占卫生预算支出的２％，县和乡镇政府总共占卫生预算支出的５５—６０％。地方政府对农村卫生的支持完全取决于其财政能力和自主决策。在政府财政分权政策的影响下，农村公共卫生的筹资责任转移到下级政府机构，从而使地区间的差异也变得更加明显。政府卫生预算支出在城乡之间的分配也极不合理。１９９１－２０００年，政府农村卫生预算支出累计只有６９０亿元，仅占政府卫生总预算支出的１５．９％。１９９１－２０００年期间我国政府卫生预算支出增加了５０６．７１亿元而用于农村的卫生支出只增加了６３．０８亿元仅占１２．４％。中央已明确要求今后中央及地方政府每年增加的卫生事业经费主要用于发展农村卫生事业。这是从增量角度增加农村卫生投入的重要举措。应当看到，目前，农村卫生投入的大头在地方政府，由于相当一部分县乡财政保工资都困难，每年对农村卫生增加的投入十分有限。实证明，如果不对目前的卫生筹资体制进行根本性改革，如果不强化中央政府在发展农村卫生事业方面的责任，政府所提出的所有的农村卫生目标的实现都要大打折扣，不同地区之间和就不可能缩小。对农村卫生筹资体制进行根本性改革，一是要在中央和地方各级政府之间合理界定责任；二是要在城乡之间公平分配卫生资源；三是要完善中央对贫困地区的转移支付制度。政府的主要职责应是强化农村公共卫生服务。要对乡卫生院重新定位，并增强公共财政对村级卫生室的支持。
农村目前基本上是依靠以集体土地承包经营为基础的家庭保障模式，农村社会保障仍然是以国家救济和乡村集体办福利事业为重点，除养老保险和医疗保险在小范围进行改革试点以外，其他社会保障项目基本上没有建立起来。长期以来，我国城乡社会保障制度处于分割状态。与城镇社会保障制度相比，农村社会保障制度的建设还非常薄弱。完善农村社会保障制度的总体思路是：从中国农村的实际出发，坚持城乡一体化的政策导向，坚持分阶段、逐步完善的原则，坚持地区差异原则，加大政府对农村社会保障的投入力度，优先解决农民的基本生活保障问题，建立多层次的农村社会保障体系，逐步缩小城乡社会保障水平的差距，最终建立城乡一体化的社会保障体系。一是加快建立农村最低生活保障制度。最低生活保障是国民应该享有的基本权利，可以先从经济发达地区起步，最终建立城乡一体化的最低生活保障制度。二是积极建立多层次、多类型的农村医疗保障制度。要将建立以大病统筹为主的互助合作医疗制度作为完善农村医疗保障制度的重点，完善其他形式的农村合作医疗制度，条件成熟的农村地区，也可以鼓励农民参加商业医疗保险。三是要坚持家庭养老保障与社会养老保险相结合的制度，逐步提高社会化养老的程度。四是应按照农民工的实际需求，分阶段、分层次、逐步建立社会保障制度。
八、推进乡镇基层政权组织的改革
乡镇基层政权建设中存在的主要问题有：乡镇机构臃肿财政供养人口失控，政府职能转变滞后，政府运转成本极高；乡镇财政大范围的出现入不敷出，基层政权的顺利运转受到严重影响；乡镇政府的财政危机直接加重了农民的负担，乡镇政府提供公共产品与服务的能力非常有限；乡镇政权实际来源于上面的授予，缺乏有效的制约和监督机制，不利于基层民主的进一步发展等。
精兵简政，转换职能，是农村基层政权组织改革的根本方向。基层政府规模必须与农民的供养能力和中央财政的承受能力相适应。要根据乡镇的规模和经济发展水平等实际情况，科学合理地确定其机构及人员编制，对现有的乡镇政府机构该减的减，该并的并，而不应该简单地强求上下对口。在精简乡镇政府机构的同时，适时取乡镇财政。要按照公共财政的要求框定政府职责，乡镇政府要从生产经营活动中退出。必须实行政企分开、政社分开，还权与企业，还权与社会。随着乡镇教育等方面的职能上划县里，乡镇事务所剩不多，乡镇政府职能越来越弱化，可以把撤销乡镇级政府或实行乡镇自治作为一种选择进行探索。要强化权力制约和监督，扩大乡镇民主。