从“以民营经济为主体”的涵义而言，它只强调基于县域经济的发展状况和民营经济的自身特点，民营经济适宜于在县域经济中发挥重要作用和在多种经济成份中拥有突出地位，其目的也在于壮大社会主义的经济实力而不是要改变其性质。因此，提倡“县域经济的全盘私化”与提倡“县域经济的发展必须以民营经济为主体”是截然不同的。如果照其实行，就会影响经济的发展甚至改变社会的性质。
二、认为“扶持民企发展”就是全面介入民企事务
一些人认为，党的十六届三中全会通过的《决定》强调“要鼓励、支持和引导非公有制经济发展”，就是要政府要全面介入民营企业的事务，对民营企业进行扶持。这是对《决定》精神的一种错误理解。政府应当简政放权，不要过多介入市场，要让作为市场主体的企业自己跟着市场走。
三、认为要营造宽松环境就是政府撒手不管
一些人认为，妨碍当前民营经济进一步发展的关键在于缺乏宽松的政策和体制环境，因此，政府应放弃对民营企业的种种管制行为，为民营经济的发展营造一个宽松的环境。
转变政府职能，消除对民营企业体制性障碍是我国既定方针。但是，政府为民营企业营造宽松环境并非放任不管，无所作为。相反，在民营经济发展中，政府在政策引导、服务意识方面就要有所作为。
四、在发展战略上，认为抓机遇就是快速增长、规模化、多元化
一些人认为，《决定》的通过，为民营经济的发展带来了一个难得的发展机遇。民营经济必须利用这一有利时机迅速实现资本的增长和企业的规模化、多元化。
从经济学上讲，企业的规模化有利于降低成本，提高资金的利用率。但是，从民营经济本身而言，由于受其身份及诞生条件的制约，９９％的企业必定是中小企业，这是一个经济发展的大数定律。中小企业绝大部分又是劳动密集型企业，它的比较优势是劳动密集。如果硬是它们舍弃自身的比较优势，而盲目上项目、扩大资产规模，力不从心地接收很多人就业，把规模搞大，那么大多数企业离破产和倒闭的期限也就不会太远了。
在企业的多元化发展方面，由于一个人的知识面是有限的，一个企业家不可能做到面面俱到，在每一个行业都堪称是专家，也不可能每一个企业家都能具备实现多元化发展所必需的人力、资金等资源。因此，盲目追求多元化，盲目上项目，就会导致一个好端端的企业被生生拖垮。
五、在管理制度上，认为由家长式管理转向科学管理就是要废除家族式管理
选择家族式管理还是选择现代化管理模式不能一概而论，应该具体问题具体分析。对于占民营企业绝大部分的中小企业，由于其生产经营，管理事务不是太复杂，家族化经营是非常必要和必须的。
而对于生产经营形式特别复杂，企业的规模已经很大，其中内部专业分工也细化的企业，科学的态度和选择应该是找准两者的结合点，让家族式的民营企业法制化、规范化，变“任人为亲”为“任人为贤”，变“情感管理”为”制度管理、透明化管理”，变“人治”为“法治”。