一、县乡事权与财权不相适应
在中国，现行政治架构是中央、省、市、县、乡五级政府，因而有五级财政。从理论上讲，各级政府有不同的职责范围，即不同的事权，而要承担各自相应的职责就要有相应的财权来支撑保证，即事权与财权相适应。而在现行的分税制财政体制中，县乡政府的事权与财权是不相适应的。比如，九年制义务教育是任何一个国家最基本的公共产品或者公共服务.普及义务教育，受益者是整个国家和社会，可现在这种最基本的公共产品却主要或全部由县级来承担，全国教育经费都是“以县为主”，这显然在道理上讲不通，在实践上也十分不利于农村义务制教育事业发展。据调查，＿个县乡两级义务教育经费支出占本级总支出比重大约在50%左右。由于分税制实施中，县级好的大的税种基本上或大部分归属中央及省市，留给县级的主要是散、碎、零的小税种或好税种的小头，如增值税75%归中央，25%归所在县级，县级财力本身就有限，过日子都很艰难(全国多数县均赤字连年，工资难保即为明证)，更何况以这样有限的财力来承担义务教育这种全国受益的公共产品实在是强人所难。
二、县乡税务机构与其职能不相适应
目前，全国县乡的税收分别由国税、地税负责征收管理。在大部分地区，农业税、牧业税及其地方附加、契税、耕地占用税，由财政部门所属的农税部门征收和管理，也就出现了国税、地税、农税三家征税部门，出现了机构与其职能不相适应。
一是税收成本成倍增长。就税务机关而言，地方各级税务机构要有相应的办公场所，造成了巨大的资本性投资和资源浪费。而两套税务机构同时运转，经费支出几乎是原来的两倍。就纳税人而言，国、地税机构分设后，纳税人所耗费的费用和精力也是原来的两倍。此外，体制的原因也加大了税收征管成本。国税、地税两套征收系统，其管理形式分别实行中央和省向下垂直，造成税务机关下达的收入计划与地方政府下达的指标脱节。﹁般而言，地方政府的指标高于税务部门的指标，这就为税务部门与当地政府“讨价还价”提供了空间。地方政府为了调动税务部门完成收入的积极性，普遍采取按税收任务完成情况给予经费奖励的措施，这在一定程度上为税务部门获取最大的小团体利益提供了可能。
二是征管效率降低。国、地税机构分设后，征管人员分散，征管力量减弱，特别是针对偏远农村个体经营业户的征管，两套机构几乎是一片空白。虽然农税人员熟悉基层个体经营业户的经营情况，也是事不关己，高高挂起。在稽查方面，三家税务机构不能实现信息资源共享。而某些税种，如增值税、消费税等，一旦国税不收缴，地税就无法补缴相应的城建税、教育费附加等随之附征的税费，从而造成税收流失。
二是征管操作陷入被动。随着税务机构的分设，部分征收领域出现了一定程度的征管混乱局面。如，从2002年1月1日起，按有关规定，在各级工商行政管理部门办理开业登记的企业，其企业所得税由国家税务局负责征收管理。目前来看，对一些企业单位的企业所得税究竟归哪个税务局来征管，在实践上比较难操作。而且，这样税款入库级次也有悖于分税制的初衷。国税有地方收入，地税有中央收入，这与国、地税分设前是一样的，失去了机构分设的意义。
四是国税、地税、农税待遇不同，制造了许多人为矛盾。同是基层征税部门，三家税务机构无论在办公条件，还是人员待遇方面都有很大差别。巨大的差别挫伤了地税、农税人员的工作积极性。
三、乡镇财政管理与现实不相适应
实行分税制财政体制后，尤其在农业税即将取消后，乡镇财政管理与现实很不相适应。具体表现为：
1.乡镇税收秩序混乱。由于乡镇收入规模小，国税分局和地税分局都是按经济区域没置的，一个分局管几个乡镇，加之乡镇普遍未成立金库，很难实行真正意义上的分灶吃饭。乡镇干部参与收税，求税务干部收税的现象时有发生，不仅扰乱了税收秩序，也增加了税收成本。
2.支出规模小，抗风险能力弱，且债务沉重。乡镇支出规模普遍很小，包括农村税改转移支付补助，多数乡镇不到100万元。由于支出规模小，乡镇的收支变化无论是增收还是欠收，或是人员变动，一二万元对某个乡镇来说都是一个很大的数字，所以抗风险的能力很小。而且由于历史等多种原因，全国各乡镇普遍债务沉重，少则几百万，多则上千万。
3.乡镇财政职能萎缩，职能不健全。目前，江西省乡镇财政所都是两块牌子一套人马，既是财政所又是农税所，组织财政收入，特别是农业税的征收工作是财政所的主要工作之一。而在支出管理、预决算的编制上一直很弱化，收入任务每年由县里统一下达，支出由县财政根据人员状况、工资结构直接核定，事实上乡镇财政在支出上只起到了一个“二传手”的作用，根本谈不上对财政资金进行跟踪问效、加强监督管理。由于乡镇财政是一级政府一级财政，主要受乡镇政府的领导，加上乡镇领导变动频繁，难免存在短期行为，这也给乡镇财政带来了许多麻烦。如挤占、挪用专项资金，借款办事业、搞建设，而财政所又难以进行监督。与此同时，乡镇人大也不可能有效监督乡镇政府财政收支。
如果农业税一旦取消，那么财政职能将大大萎缩，仅是对支出进行管理，工作量并不大。另外，随着农业税的取消，农业税征收经费也将随之取消，财政所的办公经费也难以得到保障。
4.机构臃肿，冗员过多。由于机构多，上下级级次多，不仅影响了政府决策，也影响了办事效率。
以上三个不相应，是分税制财政体制在县乡实施过程中不完善的地方，且这种不完善客观上加重了县乡财政困难，现在是解决问题的时候了。如何解决，笔者提出如下对策，供参考。
对策之一——大力培植财源。发展是硬道理，解决县乡财政困难的根本之道是大力。发展生产，大力培植财源，县乡政府应真正把财源建设当作一切经济工作的出发点和落脚点，财政部门则应两手抓，一手狠抓生财，一手狠抓用财，力求年年财政收支平衡，并略有结余，只有税广财丰了，解决县级财政困难才是有源之水，有本之木。
对策之二：——坚持县乡事权与财权相统一。毫无疑问，分税制财政体制是一种目前比较先进的科学体制，但又是需要与时俱进，进一步完善的体制。完善的基本原则，笔者认为首要是坚持事权与财权的统一，每级政府承担多大事务，就应该赋予多大的财权，如对义务教育，应改变目前“以县为主”的经费管理体制。在当前全国县乡财力普遍不足的情况下，教育体制应该是“在国务院领导下，教育分级管理，经费保障由中央、省、市、县四级负担，义务教育国家化，非义务教育产业化(市场化)，其中，农村义务教育经费投入和保障应以中央与省级财政为主。”另外，对农村防洪抗旱水利等基础设施投入应该全部由中央财政负担，因为农村税费改革后，“两工”将全部取消，绝大多数县乡政府已根本无力进行任何水利基础设施的投入。当然，中央财力也是有限的，在有限的财力情况下，要保证义务教育和农村水利基础设施投入，只有调整支出结构，大力压缩城市里的楼堂管所建设，这样既保证了义务教育和农村水利基础设施投入，又可缩小一些当前日益扩大的城乡差别。
对策之三——合并三套税务机构。分税是必要的，但国税、地税、农税分设则没有必要，事实已经证明，套税务机构分设弊大于利。趋利避害，合并为上策，合并后税务机构可分别属于中央、省、市、县分级管理。为防止税收混库，防止地方政府挤占、截留中央税收，防止税政腐败，可设立专属中央的税务稽查局，专司税务稽查工作，并赋予相应权力。其下属机构一直分设到县，并从现有税务人员中选调政治强、业务精、作风好、年龄轻的人员组成，人、财、物管理均直属中央税务稽查局，完全不受当地党委政府控制。
对策之四——加大机构改革力度，减少政府层级。应力争在近一二年内对现行宪法中关于五级政府的设立架构修改为中央、省、县二级政府架构，撤销市、乡两级，并㈩台全国统一的操作性强的县乡干部职工：队伍分流、裁减的政策，真正分流裁减冗官冗员。与此相适应，财政上亦分成中央、省、县三级分税制财政体制，全国实行财政省管县体制，在已划分中央与省级政府事权与财权的基础上，再细化省级政府与县级政府的事权与财权，各司其职，各负其责.