根据《国务院关于农村金融体制改革决定》确定的指导思想，针对现有农村金融体系中存在的突出问题，对政策金融、商业金融、农村信用社重新进行功能定位和调整，建立起合理有效的运行机制，强化农村金融体系的整体功能，形成支持农业和农村经济发展的合力。
一、着力强化政策金融支农作用
在国家必须加大对农业、农村的投入，以解决经济二元结构矛盾的今天，运用政策金融加大对农业、农村支持是一项重要的选择。我们认为，关键的问题是要让政策金融机构真正体现政府的政策引导，办成真正的政策金融机构。总结以往的经验，我们要做好以下三件事。
一是必须统一对政策性银行经营目标的认识。政策性银行体现政府经济政策取向，它按贷得出、收得回的金融方式运行，但它不以盈利为目的，不能与商业金融竞争。凡是商业银行愿意放款的项目，政策性银行要退出。凡商业银行不愿做，但能收回本金的项目政策性银行必须去做。
二是必须为每一家政策性银行独立立法，政策性银行依法经营。政策性银行是特殊的法人，商业银行法不适用于它。但目前的立法程序是由政策性银行和人民银行一起起草政策性银行条例。在经营宗旨上三家政策性银行的经营者都有利润动机和向商业银行转化的倾向，因而他们不愿意在法规上体现不以盈利为目的，不与商业银行竞争的宗旨，不愿在业务范围上受到太多限制，使立法工作历经9年迟迟不能出台。因此，必须由人大组织专家在听取相关部门意见的基础上独立立法。
政策性银行只能按法律要求规范自己的行为而不应让法规体现自己的意志。
三是要严格政策性银行的预算管理和考核，尽可能地降低运行成本。如果要求政策性银行坚持不以盈利为目标，坚持不与商业银行竞争的宗旨，在财务预算中就要有所体现。对政策性银行的考核要在核定的利差补贴金额和核定的最高坏账率的前提下，与按商业银行模拟运行的结果进行比照，以此作为考核依据。对于政策性银行的员工报酬应以这种考核结果和市场同类人员中上等水平的标准核定，因为政策性银行的经营压力与风险远远小于商业机构。
当前在农村我们应该利用农业发展银行做好政策性金融业务，按1994年国务院成立农业发展银行的业务范围做好信贷工作。为了稳妥和减少贷款损失，农发行可以在一些省进行扩大业务范围的试点，在试点过程中过去已划转到农行的业务不再划回，所有业务从新增项目开始。
二、加大商业金融的支农力度
国家可以通过税收政策引导商业银行把一定比例的资金用于农业和当地社区。县域经济内中小企业占绝大多数，一些全国性的大金融机构按他们风险管理的程序很难找到合适的贷款对象，而在社区范围内通过对创业者、经营者的了解和对当地市场的了解及对生产经营的跟踪服务，许多中小企业和一些农业项目是可以贷款的。因而有必要对商业银行的结构进行改组。能对当地发放一定比例贷款的国有商业银行可以继续保留机构为当地服务，没有能力在当地放款且达不到一定比例的机构可以让他们撤掉网点，让出存款市场，也可以在这些银行县级机构的基础上改组成当地的社区银行，发挥社区银行贴近客户的优势，改进县域金融服务。
三、深化农村信用社体制改革，发挥农村信用社支农主力军作用
深化农村信用社体制改革，因地制宜改革农村信用社组织形式和管理方式，明晰产权关系，强化约束机制，增强服务功能，把农村信用社真正办成由农民、农村工商户和各类经济组织入股，为农民、农业和农村经济发展服务，实行自主经营、自我发展、自我约束、自担风险的社区性地方金融机构。农村信用社的组织形式大体可分为三类：大部分地区要继续巩固和发展乡镇信用社、县联社各为法人的体制；在人口相对稠密或粮食主产区，信用社资产规模较大、管理基础较好的地方，可实行全县农村信用社统一法人；在经济比较发达、城乡一体化程度较高的地方，可将农村信用社改建为县（市）银行机构。农村信用社的历史包袱应该采取有效的财政政策和资金政策逐步消化。
四、理顺邮储转存款利率，建立农村资金良性循环的机制
农村资金外流除国有商业银行县级机构的渠道外，还有一个重要的渠道是邮政储蓄。邮政储蓄存款以较高的利息转存人民银行，无风险的高息收入使邮储机构产生了较大的利益冲动，邮储存款增量成倍增长，其中有2/3来自县及县以下机构。为了体现公平竞争的原则，应在开放邮储自主运用资金渠道的同时，把邮储在人民银行的存款利率降到与其他金融机构相同的水平，让市场资金运用的利率水平约束邮政储蓄的吸储行为。邮政储蓄自主运用的资金可以购买国债也可以购买政策金融债，特别是可以购买农业发展银行的债券，把农村资金运用到农业、农村。邮储机构与农村其他金融机构处于同一竞争水平后，相应能增强农村信用社的竞争能力，有利于农村信用社增加存款，增加信贷投放能力。
理顺政策性银行、商业银行、农村信用社和邮政储蓄的资金关系，才能形成农村资金的良性循环机制，增加农村的信贷资金投入。